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Calendario,
material de clase,
referencias
y lecturas recomendadas
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Tema
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Lecturas recomendadas
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Introducción
Bioinformatics,
Science, medicine, and the future
What is Bioinformatics?
A Proposed Definition and Overview of the Field
On
the Parallelization of Bioinformatic Applications
models@home: distributed computing in
bioinformatics…
Tutorial: High Performance Computing in
Bioinformatics
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14/setiembre
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Introducción
a la biología molecular (7mb)
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19/oct
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Introducción
a HPC
(1.5mb) y a Bioinformática (300k)
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21/oct
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Fundamentos
de la Biología Molecular (700k)
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23/oct
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HPC y grandes
volúmenes de datos
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4/nov
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Repaso de
HPC: Modelos
de programación y Medidas
de performance
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Problemas de alineamiento
Basic Local
Alignment Search Tool
Whole Genome
Alignment using a Multithreaded Parallel Implementation
Bioinformatics: The pair-wise alignment problem
Recent
progresses in multiple sequence alignment: a survey
Parallel
Computation in Biological Sequence Analysis
The Design, Implementation,
and Evaluation of mpiBLAST
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9/nov
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Alineamiento de pares (local y global)
(1.8 Mb)
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11/nov
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Alineamiento
múltiple y Métodos heurísticos (2.5 Mb)
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Bases de datos
Biological sequence
databases
A
simple and efficient approach to parallel database searching
Bases
de datos en arquitecturas paralelas (Dr. Raul Ruggia)
The Google File System
Rules of Thumb in Data Engineering
ClustalW-MPI: ClustalW analysis using
distributed and parallel computing
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16/nov
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Bases de datos bioinformáticas
existentes (500k)
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18/nov
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Clase
practica (en sala 502): practico
de bases de datos y descripcion
de salida de FASTA ,
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23/nov
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Clase
practica (en sala 502): practico de FASTA
y practico de alineamiento
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25/nov
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Implementaciones
paralelas de algoritmos de alineamiento (1 MB)
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Multiple
alignment using hidden Markov models
Hidden Markov Models
Profile Hidden Markov Models
What is a hidden Markov model?
Hidden Markov Models in Computational Biology
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30/nov
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Hidden Markov Models: Introducción
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2/dic
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Hidden Markov
Models: aplicaciones a la Bioinformática
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Temas relacionados
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7/dic
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Introducción
a los algoritmos geneticos; experiencias en FING
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9/dic
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Introducción a la Filogenética
(2MB)
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Cierre del
curso
Plant bioinformatics: from genome
to phenome
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14/dic
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Experiencias
en INIA, a cargo de Fabián M. Capdevielle, (Coordinador Unidad de Biotecnología del
Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria)
Incubando en Zonamerica: Empresas de Bioinformática
(4mb), a cargo de Fernando
Castellanos (Zona America)
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16/dic
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Implementaciones
paralelas de algoritmos basados en HMM y de Filogenetica
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21/dic
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Prueba
escrita, encuesta, conclusiones y cierre
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