Instancias de Prueba

Todas las pruebas se efectuaron en un computador Intel Pentium D de 2.8 Ghz con 1 GB de memoria RAM. En todos los casos se realizaron 30 ejecuciones independientes sobre cada una de las instancias de prueba.
Estas instancias de prueba fueron las usadas por Ribeiro y Viana en su tesis A GRASP/VND heuristic for the phylogeny problem using a new neighborhood structure [1]. Cada una de estas instancias se especifica en un archivo de texto donde en la primer línea se indica un entero m que corresponde al largo del código y a continuación un entero n que corresponde a la cantidad de taxones. Desde la línea 2 a la n+1 se indica el nombre del taxón seguido de una tira de m valores asociados a cada una de sus características. Cada valor de la tira puede tomar alguno de los elementos del conjunto {“0”, “1”, “?”}. El formato de un archivo válido de una instancia de prueba se plantea en la figura 1 y una instancia de ejemplo en la figura 2.

Los detalles de cada instancia de prueba utilizada y sus óptimos conocidos se presentan en la tabla de la figura 3. Las primeras cinco instancias (ANGI, GRIS, TENU, ETHE y GOLO) son problemas de la vida real mientras que las instancias TST fueron generadas aleatoriamente por Ribeiro [1].

Las instancias de prueba se pueden descargar desde aquí.

Metaheurísticas aplicadas a la
reconstrucción de árboles filogenéticos

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