La línea de investigación y creación de conocimiento nacional relativa a los efectos de las plantaciones forestales sobre los recursos naturales ha sido desarrollada por la Universidad de la República, con el apoyo de las instituciones estatales y de las propias empresas forestales, bajo distintas modalidades. El primer proyecto ejecutado fue encomendado por la Dirección General Forestal (DGF) del Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca (MGAP) que, propendiendo un manejo sustentable de las plantaciones forestales, ejecutó entre 1998 y 2001 un "Proyecto de instalación de microcuencas experimentales para el estudio del impacto ambiental y monitoreo de programas de forestación con Eucalyptus en el Uruguay", con financiamiento BIRF 3697-UR.

Posteriormente el monitoreo sistemático en pares de microcuencas experimentales (pasturas naturales y plantación de Eucalyptus) se está desarrollando desde el año 2006 en conjunto entre la Universidad de la República y las empresas forestales UPM, Montes del Plata y Forestal Atlántico Sur, en el marco de los siguientes proyectos:

• 2005-2008: Proyecto PDT 32/03: "Indicadores hidroambientales de manejo forestal sustentable de las plantaciones de eucaliptos en el Uruguay". Financiación: Programa de Desarrollo Tecnológico (PDT), Dirección Nacional de Ciencia y Tecnología (DINACYT). En el marco de este proyecto, se instalaron 2 microcuencas experimentales en el Departamento de Paysandú y se monitoreó el recurso hídrico (cantidad y calidad). Entre otros, este proyecto permitió establecer los primeros balances hídricos en el Uruguay, comparando cobertura con plantaciones forestales adultas y pasturas naturales para uso ganadero.
• 2007-2010: Proyecto INIA FPTA 210: “Efectos de la actividad forestal sobre los recursos suelos y aguas, en microcuencas similares sometidas a distinto manejo”. Este proyecto le dio continuidad al proyecto PDT e incorporó la instalación de 2 nuevas microcuencas experimentales, con el propósito de analizar los efectos poscosecha (suelos húmedos y suelos secos) sobre la calidad de las aguas y la erodabilidad de los suelos.
• 2007-2012: Convenio Fundación Julio Ricaldoni – Eufores S.A. “Monitoreo de microcuencas en los establecimientos Don Tomás, La Cantera y Santo Tomás”. Este convenio tuvo como propósito mantener el programa de monitoreo, con el objetivo general de desarrollar, a escala de microcuencas, indicadores hidroambientales que tomen en cuenta la variabilidad climática, y permitan construir modelos de utilización e impacto sobre aguas y suelos, comparando microcuencas forestadas con microcuencas no forestadas.
• 2009-2012: Convenio Forestal Oriental S.A. / Facultad de Agronomía-UdelaR: “Dinámica del agua en plantaciones de eucaliptos en establecimiento La Nueva Esperanza. Actividades desarrolladas: Caracterización hidrológica de las dos microcuencas del establecimiento, relevamiento en campo de perfiles longitudinales y secciones transversales de los cauces principales, levantamiento mensual de información de campo y su posterior procesamiento. Modelación física de los vertederos (combinados triangular-rectangular) instalados en campo, para la determinación de las curvas H-Q. Análisis de la información disponible, con el objetivo de caracterizar el comportamiento hidrológico en cada microcuenca, durante el período de calibración y a partir de la forestación en una de ellas.
• 2011-2013: Proyecto CSIC I+D: “Evaluación de la producción de sedimentos pos-cosecha en cuencas forestadas”. Financiación UdelaR. En este proyecto se profundizó en el estudio de la producción de sedimentos durante la cosecha, mediante el uso del radionucleido Cs137 y la implementación del modelo hidrológico SHETRAN.
• 2012-2016: Proyecto ANII Alianzas “Red de microcuencas experimentales para la obtención de indicadores hidrológicos y edáficos en plantaciones forestales”. Financiación ANII, UPM y Montes del Plata. Este proyecto le dio continuidad al programa de monitoreo de microcuencas incorporando el segundo par en el Dpto. de Río Negro. En este proyecto se avanzó en la definición y cuantificación de indicadores hidrológicos y edáficos y se incorporaron indicadores ecológicos.
• 2017-2021: Proyecto ANII Fondo sectorial de innovación industrial, “Indicadores ambientales multiescala de la forestación en Uruguay”. Financiador: ANII, UPM, Montes del Plata y Forestal Atlántico Sur. Se avanzó en la sintetización de resultados de diferentes modelos hidrológicos implementados en diferentes escalas espaciales, en un esquema de cálculo simple para la simulación de escenarios de predicción de los efectos de la actividad forestal en el recurso hídrico.